Scheiding van rollen en taken als een instantie zowel initiatiefnemer als bevoegd gezag is
Bij de beperkte m.e.r.-procedure komt het incidenteel voor dat initiatiefnemer en bevoegd gezag één en dezelfde overheidsinstantie zijn. In zo'n situatie is het vanuit het oogpunt van legitimiteit en draagvlak verstandig om organisatorisch de uitvoering van de m.e.r.-procedure en het opstellen van bijbehorende producten te scheiden van de beoordeling en besluitvorming. Dit zijn immers afzonderlijke rollen en taken. Veelal zal deze scheiding moeten worden aangebracht binnen één overheidsinstantie. Dit vereist zowel aandacht op ambtelijk als bestuurlijk niveau.
In veel gevallen wordt een scheiding gemaakt tussen algemeen bestuur (provinciale staten, gemeenteraad) als bevoegd gezag en dagelijks bestuur (provinciale staten, burgemeester en wethouders) als initiatiefnemer. Op ambtelijk niveau worden de rollen van initiatiefnemer en bevoegd gezag vaak bij verschillende afdelingen ondergebracht: de afdeling ‘infrastructuur', ‘uitvoering' of ‘beleid en planvorming' opereert bijvoorbeeld als initiatiefnemer, terwijl de afdeling ‘vergunningverlening en handhaving', ‘beleid en planvorming' of ‘m.e.r.-coördinatie' op ambtelijk niveau de rol van bevoegd gezag vertolkt.