Scheiding van taken, bevoegdheden en verantwoordelijkheden
Uit oogpunt van legitimiteit en draagvlak is het verstandig om organisatorisch de uitvoering van de m.e.r.-procedure en het opstellen van bijbehorende producten (waaronder het plan of besluit) te scheiden van de beoordeling en besluitvorming. Dit zijn immers afzonderlijke rollen en taken. Het bevoegd gezag voert regie over de procedure, adviseert waar nodig over reikwijdte en detailniveau en toetst of het uiteindelijke MER hieraan voldoet. De initiatiefnemer draagt zorg voor de inhoudelijke productie en kwaliteit van het MER en eventuele informele participatie met belanghebbenden (zie ook webpagina's Participatie). Veelal zal deze scheiding moeten worden aangebracht binnen één overheidsinstantie. Dit vereist zowel aandacht op ambtelijk als bestuurlijk niveau.
In veel gevallen wordt een scheiding gemaakt tussen algemeen bestuur (provinciale staten, gemeenteraad) als bevoegd gezag en dagelijks bestuur (gedeputeerde staten, burgemeester en wethouders) als initiatiefnemer. Het bevoegd gezag heeft in een dergelijke opzet met name de rol om de functionele scheiding te borgen en toe te zien op transparantie van de afwegingskaders.
Op ambtelijk niveau worden de rollen van initiatiefnemer en bevoegd gezag vaak bij verschillende afdelingen ondergebracht: de afdeling ‘infrastructuur', ‘uitvoering' of ‘beleid en planvorming' opereert bijvoorbeeld als initiatiefnemer, terwijl de afdeling ‘vergunningverlening en handhaving', ‘beleid en planvorming' of ‘m.e.r.-coördinatie' op ambtelijk niveau de rol van bevoegd gezag vertolkt.