Natuur
Agrarische activiteiten kunnen nadelige gevolgen hebben voor de natuur. Mest van dieren bevat stikstof, waarvan een groot deel zich als ammoniak verspreidt in de lucht. Een deel daarvan slaat snel neer, de rest waaiert uit. Dit zorgt voor vermesting en verzuring.
De Wet ammoniak en veehouderij (Wav) geeft regels voor bescherming van zeer kwetsbare gebieden. Dezelfde regels staan ook in het Activiteitenbesluit (artikel 3.113, 3.114 en 3.114a).
Voor agrarische activiteiten is vaak een toestemming nodig vanwege de Wet natuurbescherming. De Wet natuurbescherming beschermt Nederlandse natuurgebieden en planten- en diersoorten. Deze toestemming kan ook via de omgevingsvergunning natuur.
Aanpak stikstof
Op 29 mei 2019 heeft de Raad van State het Programma Aanpak Stikstof (PAS) ongeldig verklaard. De overheid werkt aan een nieuwe aanpak stikstof.
Natuur en ruimte
Ruimtelijke ontwikkelingen kunnen veel effect hebben op de kwaliteit van de natuur. Andersom kunnen ecologische waarden invloed hebben op ruimtelijke ontwikkelingen.